木曾义仲进入京都后没有乘胜追击，这给了平家喘息的机会。平氏一门逃到九州，逐步削平与之为敌的地方豪族，重新控制了九州、四国以及部分关西地区。闰十月一日，平家展开反攻，并在水岛等几次战役中，利用水军的优势大败木曾义仲的部队。义仲闻报大怒，一面命令驻防部队死守，一面率领主力离开京都，前往迎击。
义仲出击关西后，早就不满其所作所为的公卿们在后白河院的唆使下，立即控制了京都的驻防部队，并颁发院宣，宣布义仲为朝敌。得知后方大乱，身在关西的义仲立率一支偏师返京，平息了这场贵族复辟的闹剧。在动乱中，法皇和天皇全都逃离京都，正在气头上的义仲索性打算自己称帝。但是，这傻瓜以为法皇要剃光头，天皇要留茅盖（最近几代天皇都还是孩子，所以才要剃这种发型），因此最终还是放弃了，自作聪明地当了个不伦不类的法皇厩舍别当（为法皇养马的马夫头，义仲见有“法皇”二字，以为是很大的官）。
听说义仲在京都肆意妄为的源赖朝大喜过望，立刻点集兵马，于第二年（公元1184年）的正月十一日出兵十数万，以讨伐朝敌的名义向京都杀来。义仲万万没有想到这么快就大难临头，只好硬着头皮将手上仅有的5万人的部队撒开在宇治川岸，准备决战。
主持正面作战的乃是源赖朝的异母兄弟蒲将军范赖，配合从侧翼进攻的部队则由他另一个异母兄弟、源九郎判官义经指挥。这位源义经是具有传奇色彩的人物，据说其母常盘御前本是天下知名的美人，父亲源义朝去世以后，常盘被清盛抢回家去，因此她所生的几个儿子也都逃得了小命。义经本是常盘最小的儿子，当时尚在襁褓之中，等他长到7岁，清盛勒令将其送至鞍马寺出家。
平氏万万没有料到，他们对义经的这种处置，为源氏一族培养了一位无与伦比的军事天才、奇袭战术的大师。在鞍马寺，义经不仅得到了家传的《孙子兵法》珍本，还遇到了鞍马流兵法及剑术家鬼一法眼，从之修习武艺。
义经15岁的时候，终于得知自己悲惨的家世，于是逃离鞍马寺，云游四方，研修兵法武艺，寻机复仇。传说其人身材娇小，皮肤白皙，相貌如同漂亮的女孩一般美丽，在京都五条大桥上，他扮成美女，击败了拦阻旅客、为收集千把名刀而战的恶僧武藏坊弁庆。弁庆以及其他很多在“平治之乱”后失去主家和财产的源氏残党，比如伊势三郎义盛等人，纷纷聚拢在义经的周围。
当然，这不过是传说而已，当时的史料则记载说义经身短面白，露着板牙。
义经后来流浪到了陆奥的平泉。此时统治日本东北广袤领土的乃是藤原秀衡，他是藤原清衡的后代，依靠新开发的金山扩充财力，在源平两家中左右摇摆，不肯明确站队。义经到了陆奥后，据说得到藤原秀衡的热情款待，还把世代重臣佐藤兄弟（三郎兵卫继信和四郎兵卫忠信）都送给了他。
等听到兄长赖朝在伊豆举兵的消息，远在平泉的义经再也坐不住了，年轻人内心仿佛有热血沸腾。于是他辞别了藤原秀衡，带着自己的十数名家臣，历经种种艰险，终于和赖朝在黄濑川会面——这次会面成了后世津津乐道的盛事。
拉回来再说宇治川岸边的对战。虽说当日河流涨水，波涛汹涌，但挡不住士气高涨的东国武士，源义经麾下的关东名将佐佐木高纲和梶原景季率先纵名马“摺墨”、“生食”跳入冰冷刺骨的河水中。源氏大军受此鼓舞，也纷纷纵入激流，冒着如雨的箭矢，拼命向河对岸冲去。一时间，宇治川里涌动着各种颜色的铠甲，好像花朵争奇斗艳的春天提前到来了。
面对士气如此高昂的敌军，在对岸防守的木曾军很快就被击溃了。经过恶战，木曾义仲率残兵退出京都，义经等六骑直奔皇宫，为皇室压惊。见到如此英姿飒爽的义经，崇尚腐朽美学的皇室成员和公卿们都无比陶醉，尤其在承受过大老粗义仲的压迫后，他们对这名符合贵族审美观点的青年充满了好感。但是义经万万没有想到，这却使他日后死无葬身之地……
从京都撤出的木曾义仲在遭到敌人反复围攻后，身边只剩下了巴御前、今井兼平在内的主从五骑。传说中，望着满身血污的巴，义仲的心软了，不忍心让她也战死在这里，于是便声色俱厉地命令她自行突围。巴泪流满面地说道：“那就让我再为您战上一场吧！”于是，她面对迎面而来的武藏名将土御师重，一刀将他的脑袋切下，然后突围而去——从此这位奇女子便从历史上和传说中消失了踪影。
又杀了一阵，义仲手下的三从骑全部战死，只剩下了今井兼平一人。两个人背靠着背继续作战，终于精疲力竭。义仲最后决定自尽，于是在今井兼平的掩护下进入了旁边的栗津松林。今井兼平守护在外，大显神威，抽出8支羽箭一连射倒8名敌军的武士，敌人见到这位如同雄狮般威风凛凛的大将，谁也不敢再向前一步。然而在栗津松林中的义仲却非常倒霉地连人带马陷进了泥潭，结果被绕过今井兼平杀来的敌将石田为久射翻，切下了脑袋。还在外面力战的兼平见到主公首级，万念俱灰，于是也含恨自尽。
至此，叱咤一时、仿佛项羽般勇猛也仿佛项羽般以悲剧收场的木曾左马头义仲，就消失在了尘埃中，散布各地的义仲军也都作鸟兽散，源赖朝的势力控制了京都。
从一之谷到坛之浦
源范赖和源义经战败木曾义仲进入京都，当时的形势并不足以乐观，因为平氏重整旗鼓，数万雄师已经浩浩荡荡从西面杀了过来。源范赖受命领兵征伐，在播磨与丹波交会点的三草山遭遇平资盛、平忠房、平有盛和平师盛等人率领的3千平氏先头部队。范赖见敌人屯兵待战，于是也扎下营垒，准备第二天与之交锋。义经却利用对方轻敌的机会，在当夜挥兵劫营，歼敌500余，严重挫伤了对方的锐气，使之从此退入一之谷要塞，再也不敢出来了。
一之谷地势险峻，面朝大海，背靠悬崖。面对这构筑坚固、有4万平家部队防守的要塞，身为一军统帅的范赖大脑居然一片空白，只好求助于副将义经。
在义经的策划下，统帅范赖领着6万大军虚张声势，假意要从正面强攻一之谷，吸引敌人注意，而义经自己却带着500轻骑，进入丹波的崇山峻岭，在当地人指引下，找到了一条长达300余里的艰难山道，直插一之谷的后方——然而，这还并非义经奇策的全部。
行军中，来到一处名叫鹎越的地方，义经命多田行纲率主力部队继续向一之谷挺进，自己却领着数十骑兵马直接驰向南方，在二月七日的黎明时分，到达了一之谷要塞的后方山崖。
望着长满青苔的10余丈的高崖，惯于在山野中驰骋的佐原义连首先跟着已经毫不犹豫从山坡往下滑的义经冲了下去，战士们也都紧随其后。一时间，四处喊杀声震天动地，正在忙着抵御东西两面汹涌杀来的源氏大军的平家武士，突然拦腰遭到攻击，士气瞬间崩溃，纷纷向停靠在海边的船只涌去。平家的忠度、知章、敦盛、重衡等将或战死，或淹死，或被俘。总之，一之谷要塞就这样完了。
捷报传来，源赖朝自然又是大喜，将枭下的平家将领首级和俘虏们捆在一起在京都游行了一圈，炫耀军威。同时，赖朝又嫉妒义经在这次战役中的赫赫军功，于是便削去他的兵权，将其调往别处，只留下蒲将军源范赖继续进兵，以3万士兵在藤户布下阵势。而平家也聚集败兵，率500兵船在备前的儿岛隔海布防。
二十六日，探知到一片只没到胸部的浅滩的佐佐木盛纲带着没有战船的源氏士兵暗泅过海，在儿岛登陆，一举击退了平家军，将其逼入水军要塞屋岛。源氏的部队没有船只，只能望洋兴叹。不久，平家的游击部队抄到源范赖背后，切断了他的补给线。西征军进退维谷，士气低落。
眼看西征大业即将功败垂成，源赖朝只能又去求助于坐冷板凳的义经。源义经倒是不计前嫌，二话没说就带上150骑奔赴前线。